LPK ITNY memiliki tugas pokok fungsi untuk menatalaksanakan seluruh kerja sama di ITNY, melaksanakan monitoring dan evaluasi kerja sama, mengembangkan dan memelihara jaringan kerja sama, serta mengembangkan dan memelihara sistem informasi kerja sama. LPK ITNY dipimpin oleh Kepala Lembaga, yang dalam melaksanakan tugasnya dibantu oleh Kepala Bidang Implementasi dan Evaluasi Kerja Sama (IEK) dan Staff Bidang Kerja Sama.